洗过礼，就要对印加大王阿塔瓦尔帕执行绞刑了。这时，他提出希望能把他的遗体运往出生地基多，与他的母系祖先葬在一起。然后，他对皮萨罗说，“侯爵先生，请可怜可怜我的孩子们吧，他们还小，不能没人照顾。”
他之所以向皮萨罗提出这种要求，是因为他知道他的孩子唯有置身于他的保护之下才是最安全的。皮萨罗此时也感到悲哀难受，听阿塔瓦尔帕把这种大事交付给他，他连忙点头，说，“请你放心，你的孩子就是我的孩子。”
听着这话，印加王欣慰地点了点头，神色又恢复了一度曾经动摇的冷静，安详地接受着命运的安排。围绕在他周围的所有的西班牙人都在为他祷告，以求他的灵魂得以解脱。随即，行刑开始。几个士兵把一根绳索套在阿塔瓦尔帕的脖颈上，并在绳索的后部系有一根木棍。接着，一个士兵开始用力转动这根木棍，随着木棍的转动，绳索越来越紧，很快，受刑者就在绞刑架上被吊了起来，并被窒息而死。
就这样，这个曾经为了一件细微小事就能把整个城镇夷为平地，因为一个人的过错就能屠杀一千个人的凶残暴戾的屠夫，这个印加帝国历史上唯一的篡位者、最残暴的也是最倒霉的印加王就这样离开了历史的舞台。他使印加帝国分裂，他摧毁了帝国赖以生存的统治系统，他甚至几乎将印加皇族斩尽杀绝，然后把一切拱手送给了西班牙人，却又被西班牙人用一种惩罚可恶的罪犯的方式给处死了。
被处死后的印加大王的尸体在阿马斯广场的那根木桩旁被摆放了一个通宵，当嘹亮的军号再次在这座安第斯山中城镇上空回响时，已是第二天的清晨之时。几个印第安人在士兵的看护下，将阿塔瓦尔帕的遗体抬到了圣弗朗西斯科教堂里。在那时，印加王换上了一套高贵华丽的衣服，身体平躺在棺木中，棺木四边摆放着许多的鲜花。他的表情虽显得有些痛苦，但还算安详。
当上午十点钟教堂钟声响起时，隆重的葬礼在维森特·德巴尔维德神甫的主持下正式开始。皮萨罗和所有的西班牙官兵都来参加了这次葬礼。仪式开始不久，正当西班牙官兵们怀着虔诚与伤感的心情听着主教为死者所致的悼词时，教堂外面突然响起了一片嚎啕的悲恸声，顿时将主教的声音压住。
还没等人们弄清楚到底是怎么回事，就见教堂大门被冲开了，一群印第安女人哭天嚎地地闯入教堂，来到停放着阿塔瓦尔帕尸体棺木的教堂走廊，围在棺木四周放声大哭。她们边哭边喊道，“这不是印加王的葬礼。我们要以印加大王式的葬礼陪送印加大王前往天国。”“我们要与印加大王同死，要同他一起去拜见他的太阳之父。”实际上，每当印加王仙世时，都会有许多的嫔妃和奴仆要随他而死，陪他殉葬，因为他们认为这样就可以在天国里又能跟他们的大王在一起了。
教堂葬礼一直被西班牙人认为是非常神圣和严肃的仪式，见被一群印加大王的妃子们闹成这样，都大为震惊和恼火。当即就有一些士兵站起来朝着那些女人们吼道，“这是基督圣地，不许胡闹。”“快快离开，不然，就把你们赶出去。”可是，那些女人一边继续放声哭着，一边向西班牙表示着愤怒与抗议。因为是他们杀害了她们的大王和夫君。
主教维森特·德巴尔维德神甫赶忙跑过来，对这群哭哭啼啼的女人们说，“阿塔瓦尔帕已经接受过基督洗礼，所以，他已经是一名基督教徒了，他必须以基督教徒的方式进行葬礼，而基督教徒的上帝是非常憎恶殉葬的行为。”说着，便让士兵们把她们给赶出了教堂。
但是，这些女人在被赶出教堂之后，仍有一些人当即就回到了住处上吊自尽了，追随着他们的君王一同去了太阳神的天堂。
阿塔瓦尔帕在临终前曾向执法者们提出要把他的遗体送往他土生土长的基多，同他的母系先祖葬在一起，但是，西班牙人并没有考虑他的这一遗愿，而是在举行完葬礼之后，立即把他的遗体送到了圣弗朗西斯科修道院旁的墓地，那里已经安葬着几位死于疾病的西班牙士兵。在那个用白石制作的十字架的旁边，早已挖好了一个墓坑，印加王的棺木被放在墓坑里。葬礼由德巴尔维德主持，皮萨罗和一些官兵也来到了墓地，在最后的祈祷时，皮萨罗一直低着头，并在士兵们开始向墓坑里填土时，忍不住地流出了眼泪。墓坑填满时，有人在他的墓地上立起了一块石碑，上面刻着：胡安·德阿塔瓦尔帕之墓。他的墓铭志为：曾为印加大王，终为基督信徒。
但是，在西班牙人离开卡哈马卡后，他的遗体还是被人秘密地挖了出来，迁到了基多，同他们的母亲埋葬在一起。后来，当西班牙人攻占基多后，为了从中得到财宝，西班牙人掘开了他的墓，然而，里面既没有财宝，也没有尸体。
关于这位印加大王的后世，人们褒贬不一。据说公鸡和母鸡是西班牙人带到印加王国的。当印加人第一次见到母鸡时，就把母鸡叫作阿塔瓦尔帕，因为母鸡在印加人中被比喻为胆小如鼠。之后他们听到公鸡打鸣时，为了让这位杀尽了王室宗亲的暴君遗臭万年，人们就模仿着公鸡啼叫喊道“阿塔瓦尔帕！”他们还把这个外族女人所生，耍弄阴谋诡计捉住并杀害了他的长兄、法定王位继承人华斯卡尔，还用前所未有和闻所未闻的酷刑和残暴手段灭绝了整个王族，连妇女和儿童都不放过，而且在杀害了自己的骨肉同胞仍不满足，又疯狂地向宫里最亲近的仆人们发泄他那残忍的兽性的暴君的故事讲给孩子们听，以便代代相传，于是，当时印第安人孩童们一听到公鸡打鸣，就立即随声附和道“阿塔瓦尔帕！”
但是，基多的印第安人却与库斯科那边的印第安人截然不同，他们把阿塔瓦尔帕看成是一位德高望重的伟大人物，为了爱戴他们当地出生的国王并使他的名字不被忘记，每当公鸡打鸣时，他们也跟着喊道，“阿塔瓦尔帕！”但是，他们的解释是公鸡鸣叫他的名字是要他流芳千古。
他的子女也遭致冷遇。他有一个儿子和两个女儿。儿子叫唐弗朗西斯科。他之所以叫这个名字，是因为他的父亲阿塔瓦尔帕在临终前把他们交给了弗朗西斯科·皮萨罗抚养。可是，唐弗朗西斯科还在上学时就夭折了，他死时不但有人兴高采烈地拍手叫好，而且还说他是那个阴险奸诈，暴虐成性的人的儿子，死了活该。他们甚至说他的父亲是个丧尽天良的人，他根本不是印卡王瓦伊纳·卡帕克的儿子，那是他母亲背叛了印卡王跟某个基多印第安人睡出来的。如果他是印卡人，别说根本干不出那些惨无人道的罪恶，就是连想也想不出来。因为印加祖先的教义从来都是不让人伤害别人，连敌人都不伤害，更不用说是对自己的亲人。于是，他们一起骂他的父亲，因为是他的父亲毁了这个王国，灭了这个王族。唐弗朗西斯科活着时，也感到印卡王族和一般印第安人都很恨他，所以，他不同他们交往，甚至连家门也不出。他的两个姐妹也是如此，因为她们一出家门就会听到有人用阴险奸诈，暴虐成性和卑鄙龌龊的小人来称呼他们。其中那个叫卡亚的女孩是安娜·玛雅王后的宝贝女儿，她后来的生活和命运也非常不好。自她的母亲与那个西班牙人逃离之后，再也没听到过他们的音讯。