11月15日，在成都，顾品珍和赵又新联手发动兵变，逮捕了四川督军兼靖国滇军第一军军长罗佩金。随后他们打开了成都城门，川军开入成都。
11月17日，青年军第九师唐生智部开入贵州，贵阳督军刘显世宣布贵阳归附国民政府。
11月18日，云南督军唐继尧宣布下野，随后被南京方面委任为国民军事委员会委员，举家迁往武汉。
11月24日，南京政府主席黄兴签发民国五年第311号和312号主席令，任命张澜为四川省主席，李根源为云南省主席，刘显世为贵州省主席。同时命令以三年为限，先按地区全面戒烟。
11月25日，武汉国民政府军事委员会签发157号、158和159号委员长令。
157号令：将原属川军，滇军，黔军各部改编为国民青年军第十六师，第十七师，第十八师，第十九师，第二十师，第二十一师。分别任命：吕超、但怒刚，顾品珍，赵又新，王文华，袁祖铭六人出任师长；朱培德，朱建德（朱d），刘明昭（刘b承），俞培棣，杨希闵，范石生出任参谋长。
158号令：戴勘出任四川省军区司令，邓泰中出任四川安保总队司令，杨森任西康警备区司令；刘存厚出任云南省军区司令，王天培任云南安保总队司令，刘湘任云南安保边防总队司令；金汉鼎出任贵州军区司令，罗佩金任贵州安保总队司令。
159号令：部队调防减员令，第一是从即日起，二十二个师除近卫师外，军官数量不变，士兵数量缩减到满编的60%。即每师总人数不超过一万五千人，大批被裁撤的士兵被分配的军备部的下属工厂或农场工作，其中的精锐转入安保部队继续服役。而对于军队驻地和新兵基地也做了如下调整：
第一师师长李洪奎参谋长：夏威部队驻防在武汉；新兵配属801基地，第二师师长鲁涤平参谋长：叶琪部队驻防在安庆；新兵配属802基地第三师师长周正明参谋长：陶均部队驻防在广州；新兵配属803基地第四师师长廖磊参谋长：胡宗铎部队驻防在长沙；新兵配属804基地第五师师长俞作柏参谋长：晏道刚部队驻防在南京；新兵配属805基地第六师师长戴岳参谋长：何成浚部队驻防在成都；新兵配属806基地第七师师长李品仙参谋长：方本仁部队驻防在贵阳；新兵配属807基地第八师师长陈浴新参谋长：邓玉麟部队驻防在南宁；新兵配属808基地第九师师长唐生智参谋长：何应钦部队驻防在常德；新兵配属809基地第十师师长刘震寰参谋长：谷正伦部队驻防在杭州；新兵配属810基地第十一师师长张旭光参谋长：宋鹤庚部队驻防在江夏；新兵配属811基地第十二师师长宋浩民参谋长：叶开鑫部队驻防在赣州；新兵配属812基地第十三师师长欧阳武参谋长：张自忠部队驻防在梧州；新兵配属813基地第十四师师长邓铿参谋长：王克文部队驻防在昆明；新兵配属814基地第十五师师长唐海荣参谋长：贺云卿部队驻防在福州；新兵配属815基地第十六师师长吕超参谋长：朱培德部队驻防在九江；新兵配属816基地第十七师师长但怒刚参谋长：朱建德部队驻防在衡阳；新兵配属817基地第十八师师长顾品珍参谋长：刘明昭部队驻防在芜湖；新兵配属818基地第十九师师长赵又新参谋长：喻培棣部队驻防在宜昌；新兵配属819基地第二十师师长王文华参谋长：杨希闵部队驻防在泸阳；新兵配属820基地第二十一师师长袁祖铭参谋长：范石生部队驻防在襄阳；新兵配属821基地近卫师师长赵东生参谋长：黄绍竑部队驻防在武汉。新兵配属101基地至此国民政府基本上控制南方十二个省，而这一结果让南京方面很是吃惊，整个国民大会更是因此吵翻了天，不过最郁闷的还不是这些已经以国家主人自诩的国民代表们或者说议员们。而是以上海《申报》为媒体觉得丢分，郁闷，这段日子南京的**气氛让他们觉得自己已经是无所不在的了。可是前几天四川还在川滇内战，一转眼的功夫就被国民政府一把抓了。甚至连预测的机会都没留给媒体，媒体们只能用“西南事变”的标题来表现这一次变化的突然性。随后，愤怒的记者们纷纷涌入南京国民政府和国社党党部所在地，要求政府给出真相，而对此国民政府的官员表示他们完全不知情，甚至他们比记者更需要真相。
国民政府的高层这一次确实是十分不满，因为这场被媒体称为西南事变的战争从头到尾都没有对南京方面做任何通报。这一点是他们无论如何都不能够接受的，虽然大家在国民政府组建之初曾许诺把军队交给王振宇领导的军事委员会，但是不代表王振宇就可以自由行动。在大家看来这种自由行动在打击敌人的同时也在打击政府的威信。
现在光复会系的主要骨干章太炎，蔡元培，唐绍仪，张謇和同盟会系主要大佬孙文，胡汉民，廖仲恺，张静江，汪精卫齐聚国民政府一号会议室就军队的问题进行了国民政府成立以来的第一次关门会议。国民政府一号，主席黄兴现在已经因为肝硬化正在医院重症监护，根本不能理政了。国民政府是有直接受主席指挥的国民卫队的，总人数大约六百人，指挥官是黄兴的儿子黄一欧上校。
章太炎十分气愤的说道：“这样的军事行动完全是**裸的军事**，我看王文正是忘记了他领导的军事委员会前面还挂着国民政府的牌子，事先居然连个通报都没有。我们应该毫不犹豫的把原本就应该属于政府的军权收回，这样才能保证**的实施，同时也避免王振宇在错误的道路上越走越远。”